Ce fonds se subdivise en trois différents fonds selon l’époque concernée.
Le fonds du Dahomey indépendant : 1960-1972
Ce fonds a été produit par les institutions et organes de l’Etat mis en place au lendemain de l’indépendance de notre pays.
Le fonds du Bénin révolutionnaire : 1972-1990
Ce fonds comprend les documents qui ont été produits durant la période révolutionnaire par les différentes structures mises en place. Ce fonds n’est pas encore communicable au public.
Le fonds de la République du Bénin : 1990 à nos jours
Ce fonds est en pleine constitution dans nos administrations et les divers organes de la gestion démocratique et des droits de l’homme. Cependant, une partie des documents de la Conférence nationale est transférée aux Archives Nationales.