La Direction des Archives Nationales est issue du Service des archives du Dahomey créé par un arrêté du Gouverneur William PONTY le 1er juillet 1913, instituant dans tous les chefs-lieux des colonies de l’AOF un dépôt d’archives. Celui du Dahomey a été effectif le 3 mars 1914.
Ce service après l’accession du Dahomey à la souveraineté nationale va subi de nombreuses transformations dont les changements de tutelles, les déménagements successives opérés par la main d’œuvre pénitentiaire, l’abandon des documents aux intempéries, dû au manque de local de conservation et de professionnel pour une prise en charge réel de ces archives.
C’est en 1976 que des efforts de réhabilitation seront entrepris par la prise du décret n° 76-172 du 15 juillet 1976 qui va ériger ce service en une direction ; la construction d’un bâtiment dont les gros œuvre sont terminés en 1984 ; l’ouverture à l’Université Nationale du Bénin d’une filière en science de l’information documentaire.
En 1990, à la faveur de l’ère démocratique, les actions vont connaître une étape décisive avec le rattachement des de la Direction des Archives Nationales à la présidence de la République par la prise du décret n° 90-384 du 04 décembre 1990, qui est abrogé par celui du 02 novembre 2007 (2007-532) ; l’aménagement des locaux et la construction d’un magasin d’une capacité de 1.000 ml ; l’achèvement et l’équipement du siège définitif des Archives Nationales et le renforcement des capacités du personnel par la formation de 04 cadres de la direction à l’Ecole Nationale d’Administration et de Magistrature.